Untuk memastikan fungsi kesekretariatan, diangkat Sekretariat Balai Syura: Jossie Soesman dan Staf Sekretariat. Dan untuk menjalankan program kerjanya, Balai Syura membentuk Majelis yang bertanggungjawab pada masing-masing rekomendasi terdiri dari:
- Majelis Kesejahteraan Perempuan
- Majelis Perempuan dan Perdamaian
- Majelis Perempuan dan Kepemimpinan
- Majelis Pengelolaan Sumber Daya Alam dan Pengurangan Resiko Bencana
- Majelis Perlindungan Perempuan
- Majelis Pengembangan kelembagaan dan keanggotaan